בכיול יבדקו דיוק ופיזור הטמפרטורה בתא האינקובטור. יש להשתמש במכשור מכויל, עם דיוק מתאים כדי לספק את אי הוודאות הנדרשת. נשתמש באוגר נתונים רב ערוצי אליו יחוברו רגשי TC (טרמוקפל) מתאימים או רגשי התנגדות מסוג 100PT. לחלופין אפשר להשתמש באוגרי נתונים אלחוטיים אשר ישדרו את הנתונים למחשב. יש להציג גרף נתונים שאורכו לא יפחת מחצי שעה לאחר התייצבות הטמפרטורה באינקובטור, או בהתאם לדרישת התקן ו/או דרישת לקוח.

כדי לזהות חריגות מושווים נתוני הטמפרטורה שהתקבלו לדרישת התקן ו/או הלקוח. באם נדרש, תיבדק גם רמת הלחות%RH)), ורמת ה-CO2 באינקובטור. ערכים אלה נבדקים בעזרת מדי לחות ו- CO2  ייעודיים, והן מכוילות בהתאם לדרישות כנ”ל.

באם נדרש, וניתן לעשות כיוונון למערכת הבקרה יש לעשות זאת ולציין ולהראות בדוח את התוצאות לפני ולאחר הכיווןנו.כמעבדת כיול מוסמכת לתקן  ,ISO 17025מ.ב.א הזורע מובילה בישראל את תחום הכיול בכלל, וכיול אינקובטורים בפרט.

כדי להבטיח רמת ניהול סיכונים סבירה יש לכייל אינקובטורים כיול תקופתי. התדירות המומלצת משתנה בהתאם לשימוש ולדרישות התקן ו/או הלקוח, מקובל לכייל אינקובטור אחת לחצי שנה או שנה.

כיול אינקובטורים אמין, ברמת אי ודאות טובה הוא קריטי לאמינות תוצאות הניסוי או שמירת דוגמאות מתמשך. כל סטייה מהטמפרטורה הנדרשת, מהלחות או מרמת ה CO2 עשויה להשפיע על התפתחות הדוגמאות, התאים או הבקטריות, ולגרום לתוצאות בלתי מדויקות.
דבר העשוי לגרום לכישלון בניסוי, למתן תוצאות שגויות למטופל, לבזבוז כסף רב או בעיות אל מול הרגולטור.